«Notre objectif doit être de réduire le nombre de cas»

Tanja Stadler, professeure de «Computational Evolution» à l'ETH Zurich, travaille en première ligne dans la lutte contre le coronavirus. Elle a récemment pris la tête du groupe de données et de modélisation de la Task Force scientifique COVID-19, qui étudie de près les nouvelles variantes du SARS-CoV-2.

Franziska Schmid 01.02.2021

À quelle vitesse les deux nouvelles variantes d'Afrique du Sud et du Royaume-Uni se répandent-elles actuellement en Suisse ?
La variante 501Y.V2 qui est apparue pour la première fois en Afrique du Sud n'a été identifiée que dans un petit nombre d'échantillons. B 1.1.7 - la variante provenant du Royaume-Uni - représentait environ 10 % de tous les cas confirmés en Suisse au cours de la troisième semaine de janvier. Dans certaines régions, il semblerait que la proportion soit encore plus élevée.

Cela vous inquiète-t-il ?
La situation est conforme à ce que nous attendons sur la base des données du Royaume-Uni. La fréquence relative de la variante B 1.1.7 augmente en Suisse en raison de son taux de transmission plus élevé. La grande question qui se pose actuellement est la suivante : le nombre absolu d'infections par la variante B 1.1.7 augmente-t-il également ? Nous constatons actuellement que les chiffres doublent environ une fois par semaine - d'environ 700 cas au cours de la deuxième semaine de janvier à environ 1 300 au cours de la troisième. Dans les prochains jours, les données nous diront si les nouvelles mesures mises en œuvre le 18 janvier ont eu l'effet souhaité.

Comment les deux variantes affectent-elles la valeur R ? Sont-elles à l'origine de sa hausse ?
Comme la proportion d'infections causées par la nouvelle variante est actuellement d'environ 10 %, la valeur R est toujours dominée par les autres variantes. Mais lorsque les infections par les nouvelles variantes se situeront dans la fourchette moyenne à deux chiffres, nous verrons leur impact sur la valeur R fortement.

Et quand cela se produira-t-il ?
Nous prévoyons que B 1.1.7 sera la variante dominante en mars.

«Un nombre de cas bas signifie que le virus circule moins et que le SARS-CoV-2 a donc moins de chances de développer des variantes qui rendent le vaccin moins efficace» Tanja Stadler

Avons-nous une chance de ralentir les deux variantes ?
Pour B 1.1.7, les données suggèrent que cette variante est plus transmissible. Sans mesures ciblées telles que la recherche intensive des contacts dans les cas attribuables à la catégorie B 1.1.7, la fréquence relative de cette variante continuera d'augmenter. Il faut cependant être réaliste : la recherche ciblée des contacts pendant les vacances de Noël, à un moment où peu de cas étaient connus, n'a pas permis d'arrêter la propagation.

Y a-t-il d'autres variantes qui vous préoccupent ?
Oui, malheureusement : 501Y.V3 a été identifié au Brésil. Cette variante se propage rapidement dans des régions du Brésil où de nombreuses personnes avaient été infectées auparavant. Les analyses de laboratoire indiquent que la réponse immunitaire des personnes réinfectées pourrait être affaiblie. Cela signifierait que le risque de réinfection par le SARS-CoV-2 pourrait être accru.

Pourquoi voit-on soudain des variantes susceptibles de modifier l'épidémiologie du virus ?
Des variantes se produisent toujours - le virus mute en moyenne toutes les deux semaines. Et plus les virus circulent dans le monde, plus il y a de variantes. Ce qui nous intéresse, c'est de savoir si des variantes présentant de nouvelles caractéristiques émergent. Nous nous intéressons particulièrement aux variantes ayant une probabilité différente de transmission, à celles qui ont une progression différente de la maladie et à celles qui affaiblissent la réponse immunitaire d'un individu suite à une infection ou une vaccination antérieure.

Quel est le rôle de la surveillance dans ce contexte ?
Elle est absolument centrale, car c'est le seul moyen d'identifier rapidement de nouvelles variantes. Elle est particulièrement importante dans la phase de vaccination : nous devons être extrêmement rapides pour identifier les variantes pour lesquelles l'efficacité de la vaccination pourrait être réduite. Entre mars et novembre 2020, nous avons séquencé une centaine d'échantillons chaque semaine, ce qui correspond à 3 à 7 % de tous les cas en été. Au cours de la deuxième vague, cependant, le nombre de nouvelles infections a augmenté si rapidement que ce pourcentage a diminué en conséquence. Depuis la période des vacances de Noël, nous avons augmenté notre capacité à environ 1 000 échantillons par semaine. Le personnel de l'ETH Zurich a été fantastique, travaillant à toute vitesse pendant les vacances, tant au laboratoire que sur son ordinateur portable !

La vaccination a-t-elle un impact sur l'émergence de nouvelles variantes ?
Toute intervention - dont la vaccination - exerce une pression supplémentaire sur le virus en matière de sélection. Nous le constatons par exemple avec la grippe saisonnière, qui échappe chaque année à notre réponse immunitaire. Le SARS-CoV-2 va également continuer à évoluer.

Le nombre de cas est actuellement en baisse. Qu'est-ce que cela signifie pour la vaccination ?
Un faible nombre de cas présente de nombreux avantages - je ne peux pas les énumérer tous ici, mais je vais répondre à la question concernant la vaccination. Les professionnels de la santé sont moins occupés par les cas de coronavirus, sont eux-mêmes en bonne santé et peuvent donc travailler sur les campagnes de vaccination. Une grande partie de la population est en bonne santé et peut être vaccinée. Les personnes malades ne peuvent pas être vaccinées. Et un nombre de cas plus faible signifie qu'il y a moins de virus en circulation, ce qui donne moins de chances au SARS-CoV-2 de développer des variantes qui affectent l'efficacité de la vaccination. Notre objectif doit être de réduire le nombre de cas.